يمكن إرجاع أصل المجهر إلى القرن السادس عشر. على الرغم من أن مفهوم التكبير والعدسات كان معروفًا منذ قرون، إلا أنه خلال هذا الوقت تم إحراز تقدم كبير في تطوير الأدوات البصرية لتكبير الأشياء الصغيرة.
يعود الفضل في اختراع المجهر المركب، الذي يستخدم عدسات متعددة لتكبير الأشياء، إلى العالم الهولندي زكريا يانسن. في حوالي عام 1590، قام يانسن ووالده هانز يانسن، اللذان كانا صانعي النظارات، ببناء مجهر عن طريق وضع عدسات متعددة في أنبوب. كان هذا المجهر المبكر بمثابة إنجاز كبير لأنه سمح بتكبير أعلى وتحسين الوضوح مقارنة بأجهزة المكبرة السابقة.
كان لمجهر هانز وزكريا يانسن قيود من حيث أنه عانى من انحراف لوني، حيث تتركز الألوان المختلفة في نقاط مختلفة، مما يؤدي إلى صور ضبابية. تمت معالجة هذا القيد لاحقًا من قبل عالم هولندي آخر، أنتوني فان ليوينهوك. في أواخر القرن السابع عشر، قام ليفينهوك بتحسين تصميم المجهر وطور عدساته القوية. لقد حقق تكبيرًا ملحوظًا وكان أول من لاحظ وتوثيق الكائنات الحية الدقيقة، مثل البكتيريا والأوالي، باستخدام مجاهره.
كانت مجاهر ليفينهوك عبارة عن أجهزة بسيطة أحادية العدسة تُعرف باسم "المجاهر البسيطة" أو "مجاهر ليفينهوك". تتكون هذه المجاهر من كرة زجاجية صغيرة عالية الجودة مثبتة على لوحة معدنية، مع وضع العينة على طرف الإبرة. ومن خلال ضبط المسافة بين العينة والعدسة بعناية، حقق ليوينهوك تكبيرًا يصل إلى 270 مرة.
استمر تطوير وصقل المجاهر على مر القرون، بمساهمات من علماء بارزين آخرين مثل روبرت هوك وإرنست آبي. عرض كتاب هوك "الميكروغرافيا" الذي نُشر عام 1665 ملاحظاته باستخدام المجاهر وشاع استخدام المجاهر في البحث العلمي.
اليوم، أصبحت المجاهر أدوات لا غنى عنها في مختلف المجالات، بما في ذلك علم الأحياء، والطب، وعلوم المواد، وتكنولوجيا النانو. لقد تطورت إلى أدوات متقدمة للغاية قادرة على تحقيق مستويات عالية بشكل لا يصدق من التكبير والدقة، مما يمكّن العلماء من استكشاف التفاصيل المعقدة للعالم المجهري.